Část 4 – Párové sekvenování knihovny/poolu 2×250 bp v kvantitě min. 5 Gb a průměrné kvalitě identifikace nukleobazí na každý jednotlivý read (sekvenci) minimálně 30 nebo vyšší (Phred quality score Q30) pro alespoň 60 % readů
3 740 000 3,7 miliony Kč
Zadavatel
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Dodavatel
Podání nabídek
15. srpna 2025 22:00
Datum zveřejnění
17. července 2025
Popis
Vlastní sekvenace zahrnující základní kontrolu kvality, např. měřením na přístroji Bioanalyzer nebo obdobném, sekvenaci a základní demultiplexing získaných dat, pokud je tento krok relevantní, bez dalšího bioinformatického zpracování nebo vyhodnocení dat, dle popisu jednotlivých částí v bodu 1.2 zadávací dokumentace.
Sekvenace + doplňkové služby: Dodaný sekvenační pool obsahující několik (3-8) bakteriálních genomů (knihoven definovaných např. TrueSeq adaptéry) bude zkontrolován (Qubit a Bioanalyzer) a pool bude následně přečištěn paramagnetickými kuličkami s cílem odstranit krátké a dlouhé fragmenty (<200 bp a >800 bp). Po následné kontrole kvality (Qubit a Bioanalyzer) bude vzorek sekvenován v délce čtení 250 bp v párovém režimu (2×250 bp) a s minimálním výstupem a kvalitou definovanými v popisu Části 4. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován, a zároveň budou z dat odstraněny sekvenační adaptéry (podle informací od zadavatele) a pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read – ideálně přes online platformu.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 44 poolů. Noví dodavatelé 🤏 Zadavatel má pouze 39 % nových dodavatelů
Toto info je pouze po
registrované
uživatele.
Sekvenace + doplňkové služby: Dodaný sekvenační pool obsahující několik (3-8) bakteriálních genomů (knihoven definovaných např. TrueSeq adaptéry) bude zkontrolován (Qubit a Bioanalyzer) a pool bude následně přečištěn paramagnetickými kuličkami s cílem odstranit krátké a dlouhé fragmenty (<200 bp a >800 bp). Po následné kontrole kvality (Qubit a Bioanalyzer) bude vzorek sekvenován v délce čtení 250 bp v párovém režimu (2×250 bp) a s minimálním výstupem a kvalitou definovanými v popisu Části 4. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován, a zároveň budou z dat odstraněny sekvenační adaptéry (podle informací od zadavatele) a pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read – ideálně přes online platformu.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 44 poolů. Noví dodavatelé 🤏 Zadavatel má pouze 39 % nových dodavatelů
Dřívější dodavatelé
Odkaz na zdroj
Toto info je pouze po
registrované
uživatele.
Dokumenty
Zadávací dokumentace a další dokumenty jsou přístupné pouze pro registrované uživatele.
Zaregistrujte se zdarma a využívejte Tendry naplno.