Část 2 – Párové sekvenování knihovny/poolu 2×150 bp v kvantitě min. 50 Gb a průměrné kvalitě identifikace nukleobazí na každý jednotlivý read (sekvenci) minimálně 30 nebo vyšší (Phred quality score Q30) pro alespoň 70 % readů
984 000 984 000 Kč
Zadavatel
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Dodavatel
Podání nabídek
15. srpna 2025 22:00
Datum zveřejnění
17. července 2025
Popis
Vlastní sekvenace zahrnující základní kontrolu kvality, např. měřením na přístroji Bioanalyzer nebo obdobném, sekvenaci a základní demultiplexing získaných dat, pokud je tento krok relevantní, bez dalšího bioinformatického zpracování nebo vyhodnocení dat, dle popisu jednotlivých částí v bodu 1.2 zadávací dokumentace.
Sekvenace + doplňkové služby: Tento příklad sestává z 15 jednotlivých vzorků RNA, izolovaných v laboratoři zadavatele. Po doručení dodavateli bude zkontrolována jejich kvalita a určena vhodnost k sekvenaci. Ze vzorků bude dodavatelem připraven soubor knihoven (sekvenační pool) s unikátními indexy pro každý vzorek. Tento pool bude následně sekvenován v délce čtení 150 bp v párovém režimu (2×150 bp) a s min. výstupem 50 Gb a kvalitou definovanou v popisu Části 2. Získaná data budou následně bioinformaticky zhodnocena. Toto zhodnocení zahrnuje identifikaci, kvantifikaci a mapování transkriptů a srovnání genové exprese u vzorků či skupin vzorků (dle specifikace zadavatelem) a určení míry (násobky exprese) a signifikance těchto změn. Tyto výsledky budou zadavateli předány, či umožněno stažení ze serveru dodavatele, minimálně formou hrubých dat ze sekvenace, celkové tabulky s výsledky a tabulek a grafů dokumentujících rozdíly v expresi.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 12 poolů. Noví dodavatelé 🤏 Zadavatel má pouze 39 % nových dodavatelů
Toto info je pouze po
registrované
uživatele.
Sekvenace + doplňkové služby: Tento příklad sestává z 15 jednotlivých vzorků RNA, izolovaných v laboratoři zadavatele. Po doručení dodavateli bude zkontrolována jejich kvalita a určena vhodnost k sekvenaci. Ze vzorků bude dodavatelem připraven soubor knihoven (sekvenační pool) s unikátními indexy pro každý vzorek. Tento pool bude následně sekvenován v délce čtení 150 bp v párovém režimu (2×150 bp) a s min. výstupem 50 Gb a kvalitou definovanou v popisu Části 2. Získaná data budou následně bioinformaticky zhodnocena. Toto zhodnocení zahrnuje identifikaci, kvantifikaci a mapování transkriptů a srovnání genové exprese u vzorků či skupin vzorků (dle specifikace zadavatelem) a určení míry (násobky exprese) a signifikance těchto změn. Tyto výsledky budou zadavateli předány, či umožněno stažení ze serveru dodavatele, minimálně formou hrubých dat ze sekvenace, celkové tabulky s výsledky a tabulek a grafů dokumentujících rozdíly v expresi.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 12 poolů. Noví dodavatelé 🤏 Zadavatel má pouze 39 % nových dodavatelů
Dřívější dodavatelé
Odkaz na zdroj
Toto info je pouze po
registrované
uživatele.
Dokumenty
Zadávací dokumentace a další dokumenty jsou přístupné pouze pro registrované uživatele.
Zaregistrujte se zdarma a využívejte Tendry naplno.